ぼくの環境ではまだ投稿の制限解除されていないのですが、見つけたメモを書き記しておきます。
なお、この情報は2016年8月18日時点での情報であり、この後変更されたとしても責任とれとは言わないでくださいまし…。

自動エンコード回避する方法

今のところですが、100MB以下(今までのエンコ回避用設定)でアップロードすればOKっぽいです。

エンコされる動画種

100MBを超過すると少なくとも2つの動画が生成されることがわかりました。
  • 高画質版動画(flv_high)
  • 低画質版動画(mp4_high)
これとは別にエコノミー用の動画もできているものと思われます。

元動画の参照は現時点で不可能、プレイヤーからの参照は高画質版動画のみ(一般エコノミーなしでも高画質版が再生)っぽいです。
低画質版はgetflvを使ったダウンローダーを使うと飛び出ます。

720p以下の動画には高画質版動画ができないという情報も。100MB以下にエンコードではなく、つべのようにビットレート指定でのエンコードの(長時間だと100MB超過もありえる)ようです。

高画質版動画について

こちらはプレイヤーと一部ダウンロードして確認ができました。
flv_highと呼ばれるものです。
プレミア会員の自垢でVideo Download Helperを使いダウンロードしました。
一般でもエコノミー入ってない時はこちらが再生のようです。

FLVコンテナに格納されたAVC/AACの動画です。
MPCやPowerDVDなんかで再生できます。
確実に調査したいときはXmedia RecodeあたりでMP4コンテナにRemuxするとおk。

24000/1001の動画を入れた時は近似値の23976/1000に変換されるようです。
SnapCrab_MediaInfo v0787_2016-8-18_21-59-37_No-00
http://www.nicovideo.jp/watch/sm29470298 より
SnapCrab_MediaInfo v0787_2016-8-18_22-0-20_No-00
http://www.nicovideo.jp/watch/sm29469579 より

コンテナ FLV
動画形式 AVC
プロファイル Main@レベル3.2
動画ビットレート 1.975Mbps
解像度 1280x720
フレームレート ほぼ元動画を維持?
音声形式 AAC
サンプリングレート 44.1khz?
音声ビットレート 125kbps

低画質版動画について

従来通りgetflvを使うとこちらの動画がダウンロードされます。
mp4_highと呼ばれるものです。
正直どこで使われるのかわからない(少なくともプレ垢の高画質版では出ない)のですが…。
こちらは24000/1001の動画を入れた時はそのまま24000/1001を維持するようです。
SnapCrab_MediaInfo v0787_2016-8-18_22-4-24_No-00
SnapCrab_MediaInfo v0787_2016-8-18_22-4-33_No-00
http://www.nicovideo.jp/watch/sm29470298 より
SnapCrab_MediaInfo v0787_2016-8-18_22-6-10_No-00
SnapCrab_MediaInfo v0787_2016-8-18_22-6-18_No-00
http://www.nicovideo.jp/watch/sm29469579 より


コンテナ MPEG4
動画形式 AVC
プロファイル Baseline@レベル3
動画ビットレート 1.007Mbps
解像度 960x540
フレームレート 30fps以上は30fpsに調整?
30fps以下(24fpsなど)は元動画を維持?
音声形式 AAC
サンプリングレート 44.1khz?
音声ビットレート 67.6kbps

ちょっとしたお話

自分なりに調べてこんな結果になった~ってわけです。

書いているもの以外にmp4_lowとflv_low(それぞれ360pで0.5Mbps前後の30fps動画)があるらしいのですが、どこで使われるのかさっぱり見当もつきません。エコノミーとかなのかな?

実を言うと、投稿できる垢は乗り捨てまくってるので、今のGINZA垢ぐらいしかパスを覚えてないんですよね。
検証してるであろう人の動画フォーマットを考えながら起こしました。
エンコ検証動画を上げる人は、最低でも平均ビトレ、解像度、フレームレートぐらいは書いてほしいです。

エンコードの全体像はなんとなーく見えてきてはいるのですが、ちょっとつべには及びませんね~。
高画質版がFLVコンテナに入ってる意味、プロファイルがMainなところ、フレームレートでビットレートが可変にならないこと、720pがMAXっぽいことが個人的には分かりません…。
どちらにも共通してビットレートが低すぎること。
解像度 ニコ動 つべ(30fps以下) つべ(30fps以上?)
720p 1.975Mbps 5Mbps 7.5Mbps
480p(つべ)
540p(ニコ)
1.007Mbps 2.5Mbps 4Mbps

音声に関しては低画質版で67kbps。ちょっと聞くに耐えないかなと。
この後のアカウント拡大、仕様変更の時にどうなるのかな~…。